Роден е на 17 август 1902 година во Прилеп во близина на денешниот фудбалски стадион како прво здраво дете по неколкуте починати деца на неговите родители Андон, кој бил по потекло од прилепското село Леништа, и Захарија (Зака), која била по потекло од прилепското село Плетвар. Уште од најрана возраст, работел по прилепските тутунски и афионски полиња.
Во младоста бил одличен и истакнат гимнастичар. Завршил средно трговско училиште во Прилеп и во 1926 година отвора бакалско-угостителски дуќан и си обезбедува пристојна егзистенција. На 25 март 1930 година, во Нови Сад, склучува граѓански брак со Василка Спирова Поп-Атанасова. Тоа предизвикува бурни реакции во конзервативната прилепска средина и по враќањето на младите во Прилеп, на 5 мај тие се казнети со по 20 дена затвор поради вонбрачно живеење. Со Василка, Ченто има четири деца, кои и денес се живи. Најстариот син, Илија Андонов-Ченто, во 1990-те има напишано биографија за својот татко.
Ченто ја прифатил и ја бранел македонската национална кауза уште од раната младост. Учествува на изборите во 1935 година како заменик кандидат, а на изборите во 1938 година и како кандидат на списокот на Здружената опозиција, бранејќи ја македонската национална кауза и залагајќи се за поголема слобода на Македонците и отворање на училишта на македонски јазик. На изборите во 1938 година од вкупниот број гласови дадени за кандидатите на опозицијата, Ченто добива најмногу, но не бил избран за пратеник поради државната манипулација со изборниот систем.
Ченто бил еден од организаторите на Илинденските демонстрации во Прилеп (1940), за што бил затворен во затворот во Велика Кикинда. Во 1940 година се залага за воведување на мајчин македонски јазик во наставата во училиштата и повторно е затворен и интерниран во Баина Башта, при што е осуден на смрт. Дури и е одведен на стрелање, но е ослободен во последен момент на 15 април 1941 година.
Пред Втората светска војна повеќепати бил претставник на прилепскиот трговски еснаф, а во периодот 1935 – 1940 е претставник на прилепските трговци во Индустриско-трговската комора во Скопје, каде што јавно истапил пред нападите на српската влада дека народот во Македонија не е благодарен на сите добродети што ги направила владата, велејќи дека доколку се остави Македонија на Македонците, тие од нејзе ќе направат цветна градина и развиена економска земја. За неколкуте вакви негови изјави било известено во Белград и тие биле оценети како сепаратистички и автономистички. Тој бил многу почитувана личност во прилепската чаршија.
Уште на почетокот на бугарската окупација, на 26 април, Ченто добива покана да соработува со бугарските окупаторски власти. Тој ја одбива поканата и наместо тоа одбира да соработува со оние што се залагаат за ослободување на Македонија од нејзините нови окупатори. Неговата продавница за алкохол во Прилеп станува свртилиште на комунистите од градот, поради што бугарските власти во 1942 година го интернираат прво во селото Мелница, близу бугарско-турската граница, а потоа во логорот „Чучулигово“, Петричко, Пиринска Македонија.
Ченто со сопругата Василка, синовите Илија, Андон и Владимир и ќерката Марија, во Прилеп на 29 септември 1943 година, еден ден пред излегување во партизани. По неговото ослободување од интернација, Главниот штаб на НОВ и ПОМ на 21 август 1943 година му испраќа писмо во кое го повикува да се приклучи на НОБ. Во септември на двапати се среќава со својот сограѓанин Кузман Јосифоски – Питу, кој успева да го убеди да се приклучи на НОБ.
На слободната територија во Дебрца, Охридско, Ченто преминува во октомври 1943 година. Именуван е за член на Главниот штаб, а по основањето на Иницијативниот одбор за свикување на АСНОМ станува негов претседател. Како дел од Одборот учествува во подготовките и организацијата на свикувањето на АСНОМ. На почетокот од мај 1944 година тој, Емануел Чучков и Кирил Петрушев заминуваат за Вис на средба со Народниот комитет за ослободување на Југославија на чело со Јосип Броз Тито. Средбата се одржува на 24 јуни при што македонската делегација го поставува прашањето за обединување на Македонија по ослободувањето од окупацијата. Тито начелно се согласува, но не смета дека тоа треба да биде непосредна задача.
По враќањето на делегацијата од Вис, се привршуваат подготовките околу АСНОМ и на 2 август се одржува Првото заседание. На него Ченто е избран за претседател на Президиумот на АСНОМ на ова највисоко државно тело на Демократска Федерална Македонија (подоцна НР Македонија). За време на извршување на својата функција, Методија Андонов-Ченто бил многу почитуван и сакан од народот и се залагал власта целосно да биде народна и народот да може слободно и преку истата врата преку која влегуваат службениците, да влегува во институциите. Според неговите лични сведоштва, Методија Андонов-Ченто бил многу почитуван и од самиот претседател на Југославија, Јосип Броз Тито, кој успеал да го убеди да се кандидира за пратеник на изборите во 1946 година и покрај опструкциите кои му се правеле на Ченто од страна на КПМ (Лазар Колишевски).
Првите несогласици на Ченто со комунистите, особено со Светозар Вукмановиќ-Темпо, почнуваат многу брзо по неговото преминување на слободна територија. Меѓу другото, Ченто упатува забелешки на содржината на Манифестот на Главниот штаб.
По ослободувањето на земјата несогласиците со тогашниот македонски врв продолжуваат. Ченто се противи 15-от македонски корпус да оди на Сремскиот фронт, се залага за обединување и поголема самостојност на Македонија, се противи на враќање на имотот на избеганите српски колонисти и се залага за поголема финансиска независност и залагање за сопствен буџет на Македонија и на останатите југословенски републики. Комунистите пополека му ја одземаат реалната власт и поради несогласувањето со мерките што ги преземаат комунистите, Ченто на 14 март 1946 година поднесува оставка на функцијата претседател на Президиумот на Народното Собрание на Македонија.
Сака да се повлече од политиката и намира да живее во Прилеп, но на 14 јули е уапсен од полицијата пред својата куќа во Прилеп, а на 31 јули Министерството за внатрешни работи објавува дека Ченто бил уапсен поради обид за бегство во Грција. На 8 август против него е покренат обвинителен акт, а на 19 ноември е изведен пред суд во состав: Панта Марина (претседател) и Лазар Мојсов и Коле Чашуле, членови. Судењето трае доста кратко и по два дена, на 21 ноември, Ченто е осуден на 11 години затвор. Затворен е во скопскиот затвор „Идризово“ каде во најтешки услови бил во „специјалната ќелија“ и бил чуван од посебна стража и му биле дозволувани триесет минутни прошетки на одредено место во затворот и еднаш неделно биле дозволувани посети на членовите на неговото семејство.
Додека бил во затвор, властите често му нуделе да признае и потпише дека згрешил и се покајува, по што животот ќе му бил наполно обезбеден. Пуштен е условно на 4 септември 1955 година, по одлежани 9 години и 4 месеци затвор. Сепак затворскиот живот остава траги врз неговото здравје. Бара од Тито да му дадат пасош за да отиде да се лечи во Швајцарија, но бил одбиен. Осамен и во тешки болки и маки, Ченто на 24 јули 1957 умира од рак на желудникот, во својот дом во Прилеп. И по излегувањето од затворот не се откажал од идеите на самостојна и обединета Македонија.
Долги години по смртта, Методија Андонов-Ченто бил табу тема и ретко бил спомнуван во историските книги и учебници, а и јавните разговори поврзани со него биле строго забранети. Во 1990 година, на барање на неговиот син Илија Андонов-Ченто, е обновен судскиот процес против него и на 22 октомври, по повторената кривична пресуда, Окружниот суд во Скопје ја укина пресудата од 1946 година. На 22 октомври 2010 година, претседателот на Република Македонија посмртно го одликувал Ченто со „Орден на Република Македонија“ орден кој го имаат само поранешните претседатели на Македонија и три реномирани македонски институции.
